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計量論壇

標題: 科學家讓每個人的電腦都能參與攻克疾病研究 [打印本頁]

作者: picccctv 時間: 2012-8-2 21:52
標題: 科學家讓每個人的電腦都能參與攻克疾病研究
BOINC
伯克利開放式網絡計算平臺（Berkeley Open Infrastructure for Network Computing，簡稱BOINC）是目前主流的分布式計算平臺之一，由加州大學伯克利分校的電腦學系發展出來的分布式計算系統。它本身設計成用于 SETIhome項目，但逐漸在其他領域包括數學、醫學、天文學、氣象學等。BOINC現時旨在為各研究者提供匯集全球各地大量個人電腦的強大運算能力。直至2012年3月25日，BOINC活躍： 290,743 志愿者， 472,834 計算機。
24 小時平均： 6.300 PetaFLOPS.

運行原理安BOINC軟件的個人電腦在閑置時會使用個人電腦的CPU進行運算。即使個人電腦正被使用，假如仍有空閑的CPU周期，BOINC也會用作計算。如果使用者的電腦裝有支持NVIDIA CUDA或ATI Stream技術的圖形處理器(GPU)，某些BOINC項目的計算速度將比單純使用CPU的版本提高2至10倍（2）。
當參與者使用個人電腦參與BOINC項目時，BOINC會與項目的服務器通信，服務器會向個人電腦提供工作包（Workunit，簡稱為WU），然后個人電腦會對工作包作出運算。完成后BOINC會把結果上傳至項目的服務器。
每個項目有它的服務器，它用作協調各參與電腦的工作，包括發送工作包、接收已處理的結果、核對大量的結果再作處理，成為研究人員需要的數據。由于個別的個人電腦可能會在運算過程出現錯誤，所以服務器一般會把同一工作包傳送至多個參與者，并比較各個結果。
BOINC設有積分系統，積分間接反映參與者的貢獻。因為在BOINC上可以運行的項目千差萬別，比如項目A的工作包在某臺電腦上需要3個小時完成，而項目B的工作包在該電腦上需要30個小時才能完成，顯然用完成的工作包的數目來衡量工作量是不可行的；類似的，電腦性能也有差別，用CPU時間來衡量工作量更是不行的。積分系統只能通過一定的算法得到參與者實際完成的計算量。
BOINC 從版本 6.4.5 起，開始支持GPU運算，目前有GPUgrid.net、SETIhome、Milkywayhome、A.UAhome、Collatz Conjecture、DNETCHome等多個GPU 專案。

說白了就是下載一個數據包程序運行，再把數據包，返回總站上。

詳細操作和下載請到中國分布式計算總站

項目
舊BOINC標志隨著BOINC普及，越來越多研究都使用BOINC，以下是依功能分類的項目列表：（粗體顯示**重要工程）
生物學、醫學DockingHome — 研究更深入的蛋白質鍵結和反應的原子等級構造和細節，并借由其研究結果來研發藥物以治療人類疾病。
DrugDiscoveryHome — 研發藥物以治療人類疾病。
Malaria Control — 模擬瘧疾的影響及控制。
Predictorhome — 預測蛋白質的結構，目前已停止運作。
Proteinshome — 推論DNA的次序，目前已停止運作。
GPUGRID.net — 研究分子生物動力學相關的研究，主要運行環境為支援CUDA的NVidia GPU。
Rosettahome — 研究蛋白質的折疊。
RALPHHome — RosettaHome的測試專案。
SIMAP(Similarity Matrix of Proteins) －一個蛋白質同源計算序列并可以對這些序列數據提供專業的檢索工具的數據庫。
TANPAKU—利用布朗動力學方法計算蛋白質的結構，目前已停止運作。
POEMHOME — 利用能量法來研究蛋白質的結構。
MindModelingHome — 研究人類腦部的認知科學。
SuperlinkTechnion — 幫助科學家研究人類基因及其異常所產生的疾病。
The Lattice Project — 美國馬里蘭大學的研究生物資訊學領域相關的分布式計算平臺。
Virtual Prairie
CelsHome
RNA world —研究分析生物中RNA的分子結構。
DNAHome—研究有關生物中DNA的基因調控作用。

目前世界有許多能為人類造福的項目都因計算不足而擱淺，或者沒有很快完成！因此，我呼吁大家利用CPU的閑置計算能力，幫忙做做計算，也是為人類做貢獻！通過加入分布式計算，你就可以為這些項目出一份力，大家可以進入****** 中國分布式計算總站******下載客戶端，然后選擇自己感興趣的項目，加入以后就是自動下載任務，自動計算，自動上傳結果，并且計算的優先級是最小的，也就是說只有CPU空閑時才計算，如果你有任務，CPU會優先計算你的任務，因此電腦一點都不卡，還可以手動調節CPU的利用率

BOINC和Folding.home的成果都是公開的

中國大量生物、醫藥類研究引用了Folding.home的研究成果

如：

《藥物發現網格設計與實現》
張文舉（1）陳曙東（1）劉了（3）馬范援（1）沈建華（2）
（1）上海交通大學計算機系,上海200030 （2）中科院上海藥物研究所,上海201203 （3）江南計算技術研究所,無錫214083

《一種分布式網格計算框架以及在大規模分子動力學模擬中的應用》
王文睿（1）陳國良（1）邢利榮（2）陳華平（1）孫廣中（1）單久龍（1）
（1）中國科學技術大學國家高性能計算中心,安徽合肥230027 （2）上海電力學院數理系,上海201300

《GROMOS96分子動力學模擬的并行優化算法》
王文睿陳國良孫廣中
中國科學技術大學計算機系國家高性能計算中心,合肥230027

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