北京檢驗檢疫局成立于1999年8月10日，系根據國務院機構改革方案，由原北京衛生檢疫局、北京動植物檢疫局和北京進出口商品檢驗局合并組建而成。北京檢驗檢疫局依照《中華人民共和國進出口商品檢驗法》及其《實施條例》、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其《實施條例》、《中華人民共和國國境衛生檢疫法》及其《實施細則》、《中華人民共和國食品衛生法》、《中華人民共和國認證認可條例》、《國務院關于加強食品等產品安全監督管理的特別規定》、《北京市食品安全條例》，負責北京地區出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗、鑒定、認證和監督管理工作。
自成立以來，北京檢驗檢疫局本著“依法把關、監管有效、方便進出、管理科學”的原則，逐步形成了以出入境檢驗檢疫行政執法為主體，以技術保障和技術服務為支持的檢驗檢疫工作體系。
北京檢驗檢疫局內設18個處室，主要業務處有：法制與綜合業務處、衛生檢疫處、動植物監管處、檢驗監管處、食品監管處、通關處、認證監管處、動植物與食品檢驗檢疫處、工業品檢驗處、檢務處，并根據工作需要分別設立了首都機場出入境檢驗檢疫局、豐臺出入境檢驗檢疫局、北京經濟技術開發區出入境檢驗檢疫局、順義出入境檢驗檢疫局、通州出入境檢驗檢疫局、海淀出入境檢驗檢疫局、北京朝陽口岸辦事處、北京西站辦事處和北京國際展覽檢驗檢疫辦事處等分支機構。下屬的檢驗檢疫技術中心、國際旅行衛生保健中心、機關服務中心、動物隔離場、北京市檢驗檢疫科學研究院等技術檢測和服務單位，配合行政執法的需要，形成了全方位的出入境檢驗檢疫監督管理體系。
北京檢驗檢疫局現有干部職工890人，擁有博士和碩士223名。全局大專以上學歷人員862人，占職工總人數的96.9%。專業涉及到機械、電子、化工、紡織、食品、生物、植保、獸醫、預防醫學、臨床檢驗、計算機等多種學科和門類。這些有著豐富經驗和較高學術水平的專業技術人員充分發揮自身的技術專長，保證了檢驗檢疫工作的順利實施。為了更好地履行法律賦予的職責，北京檢驗檢疫局注重通過各種教育和培訓，提高干部職工的政治素質和業務素質，提高法律意識、專業技術、管理水平和職業道德，培養和造就了一支思想過硬、作風優良、技術精湛、廉潔奉公的干部隊伍，形成了“團結奮進、開拓創新、求真務實、無私奉獻”的北京檢驗檢疫精神，為首都檢驗檢疫事業的發展奠定了堅實的基礎。
北京檢驗檢疫局始終堅持“科技興檢”戰略，大力加強科技建設，為檢驗檢疫行政執法提供強大的技術支持和保證。近年來，北京檢驗檢疫局主持國家質檢總局科研計劃項目99項，其中以瘋牛病檢測技術、禽流感檢測技術、SARS冠狀病毒全基因組芯片檢測技術、人用SARS病毒滅活疫苗的研究、食物源性病毒基因芯片檢測技術研究、豆科和茄科植物病毒基因芯片檢測技術研究等為代表的一系列科研課題具有國際、國內領先水平；主持制訂國家標準51項，主持制定檢驗檢疫行業標準119項。此外，還結合科研工作的需要，建立了博士后工作站，開展專項課題攻關。
北京檢驗檢疫局擁有一批具有國內特色和高水平的實驗室，其中食品安全檢測重點實驗室、羊絨及制品檢測重點實驗室、玩具檢測重點實驗室、禽流感檢測重點實驗室、馬病檢測重點實驗室、瘋牛病檢測重點實驗室、植物繁殖材料重點實驗室、信息技術檢測重點實驗室、艾滋病檢測重點實驗室、生物安全檢測重點實驗室、醫學媒介生物中心重點實驗室等11個實驗室被國家質檢總局列入國家級重點檢測實驗室規劃，北京食品化妝品檢測中心實驗室、北京動物檢驗檢疫中心實驗室、北京金屬及金屬材料檢測中心實驗室、北京植物檢疫中心實驗室、北京結核病檢測中心實驗室和北京水生動物病檢測中心實驗室等6個實驗室被列入國家質檢總局區域性重點檢測實驗室規劃。瘋牛病檢測重點實驗室是國家質檢總局在全國檢驗檢疫系統設立的唯一的瘋牛病檢測實驗室，艾滋病檢測實驗室是我國首批艾滋病確認實驗室之一，也是全國質檢系統唯一的艾滋病確證中心實驗室。這些實驗室通過了國家計量認證和中國實驗室國家認可委員會的認可，不僅為檢驗檢疫工作提供檢測技術支持，而且可開展委托檢測，為相關政府部門和委托單位出具獨立的檢測報告。
實驗室擁有一批具備國際先進水平的科研和檢測設備，主要包括全自動快速免疫分析儀、液相色譜串聯質譜分析儀、氣質聯用儀、氣質液質聯用儀、掃描電子顯微鏡、等離子發射光譜儀等，儀器設備總值1.47億元人民幣。
北京檢驗檢疫局積極推進“大通關”工作，大力推進信息化建設，建成了以局機關為中心，輻射各分支機構和各工作點的信息化光纖網絡，建立了以“電子申報、電子監管、電子放行”為核心的“三電工程”以及“集中審查快速核放”與“綠色通道”制度，為進出口企業和首都外向型經濟的發展提供了快捷便利的服務。
為了適應加入世界貿易組織的要求，北京檢驗檢疫局積極探索檢驗檢疫監管方式改革，將監管工作前移到生產過程之中，抓生產源頭和關鍵環節的管理，積極促進企業建立健全質量管理體系，提高產品質量和管理水平，加快實施出口企業分類管理和出口商品免驗制度。積極幫助出口食品企業申請國外注冊，接受國外官方的注冊檢查，先后接待了美國、歐盟、日本等國的官方注冊檢查，使企業獲得進口國的準入許可。
北京檢驗檢疫局不斷強化服務意識，充分利用自身在信息、技術和人才方面的優勢，主動為外貿企業提供國外最新的檢驗檢疫標準、技術要求等方面的信息，加強檢驗檢疫技術研究，為企業提供多方位的服務和支持，促進企業擴大出口。在工作中采取方便企業的措施，堅持特事特辦、急事急辦等做法；進一步簡化報檢手續，提高辦事效率；積極推進電子政務建設，開展網上辦公和政務信息發布；加強與重點進出口企業的聯系，全力支持首都重點生產企業和“拳頭”產品出口。與此同時，北京檢驗檢疫局還努力加強黨風廉政建設，堅持政務公開，自覺接受企業和輿論監督，樹立良好的執法形象。
北京檢驗檢疫局按照“忠于職守、勇于負責、嚴格把關、保國安民”的要求，嚴格依法行政、依法施檢，不斷加強檢驗檢疫和監督管理工作。截止2008年底，共檢驗檢疫出入境貨物138萬批次，貨值961.5億美元。其中，檢驗檢疫不合格貨物7793批次，貨值近3億美元。檢驗檢疫動植物及其產品17萬批次，貨值30億美元，其中截獲一、二類動物疫情29次，檢出一、二類植物疫情607批，一般動植物疫情5500批；查扣了大量非法入境的動植物及其產品，有效防止了外來有害生物入侵。檢疫進出境交通工具近57萬架/列，檢疫出入境旅客8800多萬人，監測體檢人員56萬人次，對防止傳染病疫情在國際間傳播發揮了重要作用。簽發一般原產地證書12.75萬份，簽證金額68億美元；簽發普惠制原產地證書45.6萬份，簽證金額225.8億美元，可獲得國外關稅優惠11.3億美元。
經濟全球化帶動了世界經濟的飛速發展，中國加入世界貿易組織促進了對外貿易和對外交往不斷增加。進入二十一世紀，面對國際間傳染病疫情、動植物疫情的嚴峻威脅，面對消費者關注進出口商品質量和安全、衛生的迫切要求，出入境檢驗檢疫已經成為國家經濟發展和對外交流的重要保障力量，必將在維護國家經濟利益、保證工農業生產安全、保護消費者權益方面發揮更為重要的作用。
北京檢驗檢疫局將以一流的精神狀態、一流的服務水準、一流的工作業績、一流的裝備水平和一流的職工隊伍，嚴把國門、服務首都，為維護對外貿易的健康發展、農牧漁業生產安全和人民身體健康，做出新的貢獻。
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